Агинская окружная гимназия была создана в 1999 году по инициативе члена Совета Федерации ФС РФ, заместителя председателя комитета по обороне и безопасности Б.Б.Жамсуева, тогда возглавлявшего Администрацию Агинского Бурятского автономного округа. Ровно через год, в результате публичной защиты образовательного проекта по теме «Создание модели гимназии, реализующей проект допрофессионального выявления и подготовки будущего управленца», образовательному учреждению был присвоен статус Федеральной экспериментальной площадки Министерства образования Российской Федерации.
Агинская гимназия – трижды лауреат Московских форумов «Школа года – 2000, 2001, 2003», лауреат премии Президента РФ (2007); лауреат программы «100 лучших товаров России» (2007). В 2008 году АОГИ занесена в федеральный реестр Всероссийской книги почета; в 2009 – награждена Дипломом победителя Всероссийского профессионального конкурса «Инноватика в образовании»; главным призом — «Большая жемчужина» за разработку и реализацию инновационного проекта «Индивидуализация образования в Агинской окружной гимназии».
Ежегодно здесь выпускают самое большое количество медалистов в Агинском округе. Ребята подтверждают свои знания победами на олимпиадах, высокими баллами на ЕГЭ и, конечно, стопроцентным поступлением в высшие учебные заведения, что, несомненно, является главным доказательством эффективности работы данного образовательного учреждения. Безусловно, огромная заслуга в образовании гимназии принадлежит бывшему директору Аге Дунгилаевне Батомункуевой, преподавателям, благодаря которым на протяжении долгих лет гимназисты показывают отличные знания на окружных, краевых и всероссийских олимпиадах. Гимназия сегодня — это учебное заведение, в котором наряду со старыми традициями приживаются и новые, инновационные методы обучения.