- Велением времени стало открытие в Агинском бурятском автономном округе в 1993 году Школы тибетской медицины в продолжение двухсотлетних образовательных, медицинских традиций Агинского дацана. Инициатором открытия и директором Школы тибетской медицины, впоследствии первым руководителем Агинской Буддийской Академии и Агинского медицинского колледжа был Дид Хамбо Лама Буддийской Традиционной Сангхи России Владимир Лхамаевич Чимитдоржиев (1993-2011гг.).
- В 1993 году были приглашены ученые ламы — преподаватели буддийской философии и тибетского языка из Индии, преподаватель тибетской медицины из Внутренней Монголии (КНР), создана хорошая материально-техническая база, учебно-методическое обеспечение для подготовки собственных квалифицированных кадров комплементарной медицины.
- В 1998 году школа получила статус Агинского Бурятского буддийского института.
- В 2003 году институт был реорганизован в духовное профессиональное образовательное учреждение «Агинская Буддийская Академия».
- Сегодня Академия является одним из двух учебных заведений Буддийской традиционной Сангхи России, наряду с буддийским университетом «Даши Чойнхорлин» им. Д.Д. Заяева в Иволгинском дацане.
- 17 июня 2021 года получено Свидетельство о государственной регистрации НКО Религиозная духовная образовательная организация высшего образования «Агинская Буддийская Академия»
Решение малого Совета народных депутатов Агинского Бурятского автономного округа № 71 от 7 мая 1993 г. Ф.№ 54, Оп.1, Д.1974, Л.41
